På innesluten användning av genetiskt modifierade djur tillämpas bestämmelser av social- och hälsovårdsministeriets förordning (771/2014). Utgående från riskbedömningen delas användningen av djur upp i två användningsklasser (1-2). De isolerings- och skyddsåtgärder som iakttas ska vara sådana att GM-djuret inte kan sprida sig i miljön eller föröka sig med vilda besläktade djur.

Ett centraliserat anmälningsförfarande iakttas i allmänhet när det är fråga om användning av försöksdjur vid försöksdjuranstalter (se social- och hälsovårdsminiteriets förordning 272/2006 5 §). I så fall gör den ifrågavarande anstalten anmälan av innesluten användning, och de enstaka forskare eller forskningsgrupper som använder genetiskt modifierade djur vid den här anstalten behöver inte skicka sina egna separata anmälan till gentekniknämnden. I stället måste de sända riskbedömningsdokumenten av GM-djurbestånden till försöksdjuranstaltens egen GM-bokföring.