Muuntogeenisten kasvien suljettuun käyttöön sovelletaan GM-mikro-organismeja koskevia geenitekniikkalain säännöksiä. Myös kasvien käyttö luokitellaan riskinarvioinnin perusteella käytön luokkiin 1-4. Noudatettavien eristys- ja suojatoimenpiteiden on oltava sellaisia, että muuntogeeninen kasvi ei pääse leviämään ympäristöön eikä risteytymään viljeltyjen tai luonnonvaraisten sukulaislajien kanssa. Eristystoimet voivat perustua esimerkiksi siihen, että kasvien ei anneta kukkia sellaisena vuodenaikana, jolloin ympäristössä olevat risteytymiskykyiset lajit kukkivat.