Muuntogeenisten eläinten suljetusta käytöstä säädetään geenitekniikkalain lisäksi sosiaali- ja terveysministeriön asetuksessa 771/2014. Eläinten käyttö jakaantuu riskinarvioinnin perusteella kahteen käytön luokkaan (luokat 1-2). Noudatettavien eristys- ja suojatoimenpiteiden on oltava sellaisia, että muuntogeeninen eläin ei pääse leviämään ympäristöön eikä lisääntymään luonnonvaraisten lajitoveriensa kanssa.

Koe-eläinkeskuksissa tapahtuvan muuntogeenisten eläinten käytön osalta noudatetaan yleensä keskitettyä ilmoitusmenettelyä, joka on kuvattu sosiaali- ja terveysministeriön asetuksen 272/2006 5 §:ssä. Tällöin suljetun käytön ilmoituksen tekee kyseinen keskus, ja siellä muuntogeenisiä eläimiä käyttävät yksittäiset tutkijat tai tutkimusryhmät eivät joudu lähettämään geenitekniikan lautakunnalle erikseen omia ilmoituksiaan. Sen sijaan heidän tulee toimittaa muuntogeenisiä eläinkantojaan koskevat riskinarviointiasiakirjat koe-eläinkeskuksen omaan GMO-kirjanpitoon.